 |
|
SARA
bouwt Life Science Grid
Voor wetenschappers uit de Life Sciences is het van belang om te kunnen
beschikken over geavanceerde HPC-faciliteiten. In opdracht van NCF en
NBIC plaatst SARA daarom bij universiteiten die hierin geïnteresseerd
zijn een krachtig computercluster dat gebruikt kan worden voor experimenten.
SARA en de user community verzorgen de ondersteuning. Op dit moment
zijn de eerste clusters uitgeleverd, die al intensief gebruikt worden.
In wetenschappelijke disciplines zoals hoge-energiefysica en kwantumchemie
behoren High Performance Computing (HPC) systemen tot het basisgereedschap.
In andere wetenschapsgebieden, zoals de levenswetenschappen (Life Sciences)
is dit nog niet het geval. Ook hier kan HPC echter van grote betekenis
zijn.
Voor niet-ingewijden heeft HPC, en Grid-technologie in het bijzonder,
vaak een hoogdrempelig karakter. Met het project Life Science Grid wil
SARA de afstand overbruggen tussen de Life Sciences en de HPC-infrastructuur.
Hiertoe worden op verschillende plaatsen in Nederland – waaronder
AMC, LUMC, NKI, RU, WUR – computerclusters geplaatst. Deze clusters
beheert SARA op afstand. Dit betekent dat de gebruikers zich volledig
richten op hun onderzoek.
De eerste operationele clusters staan in Amsterdam, Nijmegen en Wageningen
en zijn verbonden met het snelle netwerk van SURFnet. Elk cluster is
lokaal op de 'traditionele' manier te gebruiken en biedt als zodanig
al aanzienlijke reken- en opslagcapaciteit. De ware kracht van het Life
Science Grid is echter dat de verschillende clusters tesamen een Computing
and Storage Grid, een virtueel supercluster, vormen. Programma's die
lokaal op het cluster draaien, kunnen ook gedistribueerd over het gehele
Grid worden uitgevoerd.
Clusters op locatie
SARA plaatst bij de deelnemers op locatie computerclusters die deel
uitmaken van het Life Science Grid. Op die manier sluit het cluster
nauw aan bij de lokale ICT-infrastructuur en de aanwezige meetapparatuur.
Deelnemers hebben de mogelijkheid om data te delen, maar kunnen die
ook afschermen en binnen de eigen muren houden. De deelnemende universiteiten
moeten zelf alleen zorgen voor 1 m2 vloeroppervlak, 2 kW elektrisch
vermogen en een snelle netwerkaansluiting.
Op hun lokale cluster hebben de deelnemers bijzondere rechten. Men kan
bijvoorbeeld inloggen op het eigen cluster, wat in sommige gevallen
het debuggen van (al dan niet zelf gebouwde) applicaties aanzienlijk
vereenvoudigt.
Toekomst
Gebruikers van het Life Science Grid krijgen de beschikking over een
interactieve portal met documentatie. Hier kan onderling informatie
en expertise worden uitgewisseld, bijvoorbeeld via een forum of een
wiki-omgeving.
Grid-technologie is nog volop in beweging. Er zijn op dit moment talrijke
initiatieven op lokaal en (inter )nationaal niveau. Het BioAssist-programma
van NBIC, bijvoorbeeld, zal op het Life Science Grid ondersteuning bieden
aan gebruikers. SARA brengt in dit programma expertise in op het gebied
van visualisatie, applicaties, Grid-technologie en dataopslag.
De huidige situatie vertoont overeenkomsten met de beginperiode van
internet, waarbij eilandjes van plaatselijke netwerkinfrastructuren
aan elkaar werden gekoppeld. Dit verklaart de nadruk op samenwerking,
standaardisatie en integratie in de lopende programma's. Het BigGrid-project,
een nationale op Grid gebaseerde e-Science infrastructuur, is daarvan
een goed voorbeeld.
Voor meer informatie kunt u contact opnemen met SARA, telefoonnummer
020-5923000. Aan het Life Science Grid werken onder andere:
|
|
|
|
|
